1993年6月

井手宣通氏から熊本市に作品寄贈

1994年10月

文化振興室内に熊本市美術文化振興財団が設立

1996年4月

文化振興課が市長部局、企画調整局へ移る

1997年3月

上通りＡ地区再開発ビルに「現代美術館」を作ることを表明

1997年4月

文化振興課内に、美術館建設プロジェクト設立

1997年9月

熊本市美術館建設検討委員会を設置

1998年7月

熊本市美術館建設検討委員会より中間答申が提出される

2000年3月

熊本市美術館建設検討委員会より答申が提出される

2000年4月

美術館建設プロジェクトが美術館設立準備室として独立

2000年10月

10月1日付で財団の所管が文化振興課から美術館設立準備室に移行

2001年12月

12月議会において、熊本市現代美術館条例を制定

2002年4月

田中幸人が館長に就任

2002年10月

美術館開館

2004年4月

南嶌宏が館長に就任

2006年4月

財団が熊本市現代美術館の指定管理者（期間：3年）となる

2008年4月

桜井武が館長に就任

2009年4月

財団が熊本市現代美術館の指定管理者（期間：3年）となる

2013年4月

公益財団法人熊本市美術文化振興財団へ移行

2014年4月

財団が熊本市現代美術館の指定管理者(期間：5年)となる

2019年4月

財団が熊本市現代美術館の指定管理者(期間：5年)となる ※非公募

2021年6月

日比野克彦が館長に就任